El museo posee alrededor de 2.500 piezas únicas que dan cuenta de los aparatos, equipos e instrumental médico empleados entre los siglos XVII y XX. Ello permite cartografiar las estructuras mentales de los profesionales del pasado y su evolución.

Esta colección aborda la historia de la salud, desde sus diversas perspectivas histórico-tecnológicas y es, sin lugar a dudas, el mayor acervo de su tipo en Chile, irremplazable y de alto valor patrimonial. En ella pueden encontrarse objetos de uso médico, farmacéutico y científico, como frascos de la Botica de los Jesuítas, del siglo XVII, y el primer aparato de electroanestesia, de 1881, del investigador chileno Dr. Ramón Araya Echeverría.

		Asimismo, el museo incluye obras de arte, muebles y estatuas de los antiguos establecimientos, como los hospitales San Juan de Dios y San Francisco de Borja         Destacan también algunos objetos, incluidos aparatos electromédicos e instrumentos de diagnóstico de fines del siglo XIX.